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07 Febrero 2013

Facultad de Medicina:

Universidad de Chile cuenta con nuevo proyecto U-redes

  • Dr. Steffen Hartel

    Dr. Steffen Hartel

La Red de Biología y Medicina Computacional de Alto Rendimiento, Biomed-HPC, mejorará la conectividad entre unidades y, próximamente, entre las del Campus Norte con el Centro de Modelamiento Matemático de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas.

Según explica el doctor Steffen Hartel, director del Laboratorio de Procesamiento de Imágenes Científicas (SCIAN-Lab), el objetivo de la iniciativa sería crear conectividad de alta velocidad entre grupos de investigación que dependen en forma vital de la transferencia, del análisis y de la interpretación de patrones en grandes volúmenes de datos. Y es que, actualmente, estas grandes cantidades de datos se generan en el campo de las imágenes de origen médico y biológico de la genómica/proteómica entre sus respectivas unidades gestoras en la facultad de medicina. Por otra parte, el Laboratorio Nacional de Computación de Alto Rendimiento (NLHPC, sigla en inglés), perteneciente al Centro de Modelamiento Matemático de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas de la Universidad de Chile, así como la Dirección de Servicios de Tecnologías de la Información y Comunicaciones, STI, de la Casa de Bello y, por último, la Red Universitaria Nacional, Reuna, forman parte y apoyan a BioMed-HPC. De esta forma, a través de esta nueva iniciativa no sólo se incrementará la conectividad entre las unidades que la integran, sino que se fomentará el conocimiento y la experiencia en el manejo de cantidad de datos, implementación de algoritmos de simulación y análisis de datos en ambientes computacionales de alto rendimiento. 

"BioMed-HPC desarrollará la excelencia en estas áreas, sustentada en tres pilares disciplinarios: análisis computarizado de imágenes; genómica y bioinformática y, por último, biología computacional de moléculas y sistemas", comenta.

Bajo este fin, el proyecto U-Redes convocó a académicos de diferentes unidades tanto del Instituto de Ciencias Biomédicas como de las facultades de Medicina, Ciencias, Odontología, Ciencias Químicas y Farmacéuticas, Ciencias Físicas y Matemáticas y el Inta. Además, integra participantes de las universidades Austral y Federico Santa María, así como el Centro de Investigación y Tratamiento del Cáncer (CITC), y el Grupo Oncológico Cooperativo Chileno de Investigación, Gocchi. "Todas estas facultades de la Universidad de Chile cuentan, actualmente, con investigadores que requieren o requerirán en el corto y mediano plazo perspectivas para el manejo de grandes volúmenes de datos, el cual es un campo que requiere de un esfuerzo mayor a través de los años para generar una nueva cultura de trabajo en todas las áreas de la salud", señala el profesor Hartel.

Finalmente, la propuesta busca fortalecer el desarrollo de la investigación básica y aplicada en todas las áreas abarcadas por los miembros de la red, desde la física al cáncer o sistemas de información hospitalarios, en una sinergia que potenciará a todos sus integrantes. Es, por tanto, necesario lograr una buena conectividad entre las partes para potenciarse mutuamente; "el proyecto U-Redes creará las condiciones necesarias, gracias al apoyo, entre otros, de la Vicerrectoría de Investigación y Desarrollo, de la propia Facultad de Medicina, del ICBM y el Instituto de Neurociencias Biomédicas, BNI, así como de cada uno de los participantes", agregó.

Las etapas de trabajo de este proyecto consideran objetivos específicos como son, durante el año 2013, la creación de una estructura organizacional, integrada por un directorio asesorado por un consejo nacional y otro internacional, así como una unidad operacional; la instalación y puesta en marcha de una red fotónica de alta velocidad que conectará a la facultad con el Centro de Modelamiento Matemático por medio de una fibra oscura a través del STI, con la ayuda de equipos ópticos especializados, que entregarán una capacidad inicial de transferencia de 10 Gbps, a la cual otras facultades del Campus Norte de la universidad podrán conectarse próximamente, y el mejoramiento de la infraestructura de red de laboratorios computacionales del plantel. De esta manera, comenzar a efectuar la transferencia y procesamiento de datos biológicos y biomédicos clínicos a través de esta red, a elaborar protocolos de uso para futuros proyectos y, por último, formular nuevas iniciativas científicas colaborativas nacionales e internacionales en este desafiante ámbito disciplinario. 

Dr. Steffen Hartel

Dr. Steffen Hartel

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