Con fecha del 20 de Mayo de 1758, el Rey Carlos lll de España, envió una cédula real indicando la creación de un hospital para mujeres en Santiago de Chile. La iniciativa fue generada en respuesta a una solicitud del Presidente de la Real Audiencia en esta ciudad, para subsanar la proximidad entre enfermos de ambos sexos que existía en el Hospital de San Juan de Dios. Se consideraba que las pacientes estaban expuestas a eventualidades indeseadas, “por la proximidad de las salas en que residen ambos sexos con el sólo resguardo de una débil puerta que las divide”.

La orden, entonces, fue trasladar a las enfermas a la casa del Marqués de Montepío (o Casa de Huérfanos ) o al Noviciado de los Jesuitas, bajo el nombre de Hospital de San Francisco de Borja, con fondos sustentados por las haciendas de Bucalemu y Pudahuel.

El mandato real se hizo efectivo en 1772, año en pasaron que el Hospital de Mujeres San Francisco de Borja comenzó a operar en una gran casona, que se encontraba emplazada en las inmediaciones de lo que actualmente son las calles Alameda y Dieciocho.

Cuando el centro de salud abrió sus puertas, tenía 20 camas en sus tres salas y las enfermas eran atendidas por un solo médico. Al poco andar, la dotación de camas aumentó a 110 y se contrataron nuevos profesionales.

Dadas las necesidades sanitarias de la época y la evolución de la práctica médica, en 1847 el hospital trasladó sus instalaciones algunas cuadras hacia el oriente, ubicándose en la manzana emplazada entre las calles Portugal y Vicuña Mackenna.

En la segunda mitad del siglo XIX, por este nuevo recinto pasaron figuran de gran relevancia para la historia de la medicina nacional, como fueron los doctores José Joaquín Aguirre, Lorenzo Sazié, Alfonso Thevenot, Raimundo Charlín, Cornelio Guzmán, Gregorio Amunátegui y Lucas Sierra.

Más adelante, con la llegada del siglo XX, este centro se transformó en un referente a nivel nacional en el ámbito de la cirugía, con destacados maestros como los doctores Rafael Urzúa, Marcos Donoso, Juan Vargas Salcedo, Italo Alessandrini, Ruperto Vargas Molinare, Roberto Estévez, Alfonso Constant, Marcos Vergara, Julio Bahr, Edmundo Petermann, Hernán Castro Moller, Edgardo Retamales, Augusto Eblén, Jacobo Titelman, Adolfo Escobar Pacheco, Rafael Urzúa, Julio Bahr y Manuel Santos.

Allí, de forma pionera en el país, se realizaron intervenciones lumbares, de quistes hidatídicos, bocios, empiemas, hemotórax, ginecológicas y fracturas. Del mismo modo, en la década del ’20, se comenzaron a usar nuevos métodos en anestesia y, a partir de los ’50, fue escenario de procedimientos de cirugía extracorpórea y cirugía de la úlcera péptica

A mediados del los ’70, el hospital contaba con 600 camas, seis salas de cirugía, sus cinco pabellones quirúrgicos, su capilla gótica y sus jardines y corredores.

Luego de haber funcionado por más de un siglo en el mismo lugar, el año 1977 el hospital cambia nuevamente su sede, esta vez, más lejos, al Barrio de avenida Matta junto al “Hospital de Niños Arriarán”, adoptando el nombre de “Paula Jaraquemada”.