Variación genómica unicelular inducida por procesos mutacionales en el cáncer
Se hallaron modificaciones celulares en el número de copias y alteraciones estructurales en los cánceres de mama triplemente negativos y en los carcinomas graves de alto grado, que se observaban en procesos de inestabilidad distintivos.
La identificación y caracterización de los procesos mutacionales endógenos han transformado nuestra comprensión de los genomas del cáncer y han conducido a una mejor estratificación pronóstica y terapéutica. Sin embargo, los procesos mutacionales suelen inferirse a partir de la secuenciación de todo el genoma (WGS), que produce señales agregadas de grupos de ADN compuestos por millones de células. Por lo tanto, la variación contemporánea de célula a célula debida a la inestabilidad genómica no es detectable en la secuenciación masiva, y ha sido poco estudiada.
Científicos de describen cómo realizaron la secuenciación del genoma de una sola célula en miles de células de tejido mamario y compararon lo que encontraron con la secuenciación que realizaron en miles de muestras de células tumorales de ovario y mama.
Los investigadores iniciaron su estudio tras observar que las alteraciones del número de copias entre células que pueden desencadenar la inestabilidad genómica en varios tipos de cáncer no han sido bien abordadas por la comunidad investigadora. Asimismo, observaron que tampoco se han estudiado adecuadamente los medios por los que dichas alteraciones pueden dar lugar a variaciones en los fenotipos en la evolución de los distintos tipos de cáncer. Para rectificar la situación, el equipo se embarcó en un ambicioso esfuerzo de secuenciación centrado más directamente en los procesos mutacionales relacionados con los cánceres de ovario y de mama.
El trabajo tuvo dos vertientes. Uno de ellos consistió en la secuenciación del genoma de 13.800 células epiteliales mamarias recogidas de mujeres que podían tener o no mutaciones en la proteína tumoral p53 o en las proteínas de susceptibilidad al cáncer de mama de tipo 1 o 2, lo que provocaba una deficiencia de recombinación homóloga. A continuación, examinaron los patrones de haplotipos y las variantes estructurales unicelulares para encontrar procesos mutuos.
El otro esfuerzo consistió en realizar la secuenciación del genoma unicelular de 22.057 células tumorales de cáncer de ovario o de mama avanzado. A continuación, compararon los patrones encontrados en el primer esfuerzo, que describen como eventos en primer plano, con los encontrados en el segundo.
En sus comparaciones, los investigadores hallaron lo que describen como variaciones celulares en el número de copias y alteraciones estructurales generalizadas en los cánceres de mama triplemente negativos y en los carcinomas graves de alto grado, que se observaban en procesos de inestabilidad distintivos. Sugieren además que dichas alteraciones indican una influencia en los niveles de expresión de cientos de genes.
Los investigadores también encontraron otras diferencias en las células estudiadas que podrían ayudar a arrojar luz sobre los numerosos procesos que conducen al desarrollo de los cánceres de ovario y de mama.
