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La composición de la microbiota pulmonar de la fibrosis quística (FQ) se ha redefinido recientemente mediante la aplicación de herramientas de secuenciación de nueva generación (NGS), identificando, entre otras, bacterias anaeróbicas que no han sido cultivadas ni descritas anteriormente.

En el presente estudio investigadores del Hospital Universitario Ramón y Cajal de Madrid, monitorizaron las fluctuaciones de este ecosistema en 15 pacientes con FQ durante un período de seguimiento de 1 año, describiendo por primera vez, la presencia de bacterias depredadoras en el microbioma pulmonar de FQ. Además, se desarrolló un nuevo modelo computacional para determinar las hipotéticas repercusiones ecológicas de una interacción depredador-presa en las comunidades de microbios pulmonares en la FQ. Quince pacientes adultos con FQ, estratificados según su función pulmonar en leves (n = 5), moderados (n = 9) y graves (n = 1), fueron reclutados en la unidad de FQ del Hospital Universitario Ramón y Cajal (Madrid, España). Cada paciente aportó tres o cuatro muestras de esputo inducido durante un período de seguimiento de un año. La composición de la microbiota pulmonar se determinó mediante técnicas de cultivo y de NGS y se comparó con las variables clínicas de los pacientes.

Los resultados revelaron una composición particular de microbiota para cada paciente que se mantuvo durante el período del estudio, aunque se detectaron algunas fluctuaciones sin ninguna correlación clínica. Por primera vez, se detectaron sistemáticamente bacterias depredadoras de Bdellovibrio y Vampirovibrio en la microbiota pulmonar al igual que parásitos bacterianos de genoma reducido del filo Parcubacteria. El modelo computacional permitió plantear la hipótesis de que la inoculación de depredadores en el microbioma pulmonar podría contribuir al control de la colonización crónica por parte de los patógenos de la FQ en las primeras etapas de colonización.

La aplicación de la NGS a muestras secuenciales de pacientes con FQ mostró la complejidad de los microorganismos presentes en el pulmón (156 especies) y la constancia de los patrones básicos de colonización individual, aunque se observaron algunas diferencias entre muestras del mismo paciente, probablemente relacionadas con el sesgo muestral. Las bacterias depredadoras Bdellovibrio y Vampirovibrio fueron encontradas por primera vez gracias a la NGS como parte de la microbiota pulmonar en la FQ, aunque su significado ecológico necesita ser aclarado. El nuevo modelo computacional permite plantear la hipótesis de que la inoculación de depredadores en el microbioma pulmonar puede erradicar los patógenos de la FQ en las primeras etapas del proceso. Los hallazgos sugieren que las fluctuaciones de los microbiomas respiratorios inferiores no están necesariamente relacionadas con el estado clínico del paciente.